15年前，在北大西洋的海上。货船－第一八代号与巨大的冰山相撞而沉没。船长和一名船员牺牲了．．．．．．

　　在时间飞快流逝的现代、西多摩市。大财团－八代集团中一名造船设计师开车时突发心脏病、死了。

　　就在半个月之后……航行在太平洋上的一艘豪华游轮Aphrodite号。 柯南、兰、小五郎一行人去参加了这艘游轮的处女航。

　　但船上有可疑人物正在暗中行动。

　　随后发生了杀人事件。在无处逃生的海上、就此拉开了恐怖阴谋的序幕。

　　本次最新作的舞台由前一部中的天空移至了大海、让观众欣赏到真正的悬念与震撼的动作场面。

　　这次的看点可是大为活跃的“沉睡小五郎”哦。“失败”的小五郎在柯南与兰的遭遇大危机的时刻，会有怎样的表现呢！？

　　过去的事件也与在海上和陆上发生的2个看似毫无关联的事件错综复杂地纠缠着。

　　柯南与小五郎2人间也展开了龙争虎斗的推理，第九部真是部充满悬念的巨作。且第九部的高潮就在于，它是一部仿效好莱坞电影、拥有豪华场面的动作片。剧中还有柯南（新一）和兰超越时空的2人感情羁绊。

　　这是漫画与TV电视中都看不到的原创故事，只有电影才具有的视觉冲击与享受。