修次与千濑是住在北海道乡下的高三学生，自从内向的千濑鼓起勇气向修次表白后，两人便开始了交往。老爱说「对不起」的千濑是个胆小又迷糊的女孩，而修次每次看到她这种笨拙模样总会不自主地发怒，但事后却又感到后悔；在互相交换日记后的一次约会里，两人终于第一次对彼此有了真正的认识。某日，不明国籍的敌人突然对札幌展开空袭，满天都是敌机与如雨般落下的炸弹，当修次正打算逃难时，却发现空中忽然出现一个疾速飞行的神秘物体，该物体击落无数敌机后坠落在修次的面前；就在烟雾散去的那一刻，修次简直不敢相信自己眼睛，眼前这个身上长着翅膀及巨大武器的人竟然就是千濑……

  　札幌遭空袭后已经过一个礼拜，大家也恢复了正常的作息。在倾听千濑诉说了她被改造成终极武器的事后，修次虽然一直无法接受这项事实，但也只能在一旁默默看着千濑出发执行任务。晚上，看完千濑的交换日记后，修次再也压抑不住心中的激动与悲痛，立刻冲出家门寻找千濑……

   在逃脱军方的监视后，修次与千濑来到了展望台。两人商量过后，决定要逃到一个没有人认识的地方去，然而当千濑回家备妥行李时，川原等军方人员却出现在她的面前；就这样，修次一个人在车站等待着千濑，直到天亮…。一个熟悉的身影再度映入眼帘，「冬美学姊…」修次心中那段苦涩的回忆又再次苏醒了。