小智一伙在前往香橙群岛的途中遭到暴风雨袭击，结果漂流到了岛上，不过受到了住民与漂亮的巫女芙露拉两姐妹欢迎，小智更是因传说误打误撞成为拯救世界的勇者，祭典完毕，小智就单独接受了集齐火、雷、冰三种水晶的任务。

　　在去拥有水晶的火之岛途中，暴风雨再次袭来，小智与女船长堪堪度过了危机，而芙露拉担心暴风雨中的小智，与姐姐和小霞开船赶去。另外，传统的火箭队武藏小次郎还是担起了负责恶搞的重任。正当小智拿到火水晶的时候，因为火之神被抓，失去统治者的火之岛受到雷之神的入侵，就在与赶到的芙露拉众人相遇的时候，收藏男再次出现，二话不说就抓走了雷之神，但同时还收获了副赠的小智一伙。

　　收藏男还没交代什么，就又赶着去抓冰之神，也就给了小智他们机会，所有的口袋妖怪一齐上阵，终于把关押火之神的护罩炸毁，愤怒的火之神立刻开始破坏，还顺便烧掉了雷之神的护罩，于是愤怒的破坏就成了2X，外加没有抓获的冰之神，3X的力量很快毁掉了空中堡垒。但是相聚的三只鸟却开始更恐怖的破坏与自相残杀，整个世界的气候也因三股力量的不平衡而遭到破坏，无助的其余口袋妖怪们也聚集到了香橙群岛，小智也乘乱拿到了雷水晶。

　　终于，传说中守护世界的海之神利基亚出现在了杀戮的三只鸟中，虽然如此却还是不敌三只鸟的合击，受伤坠海后幸亏身为巫女芙露拉的笛声将它唤起，现在唯一制止三只鸟发飙的方法就是集齐三种水晶，那就还差最后一个冰水晶，勇者小智也终于踏上了艰难的被三只鸟追杀之旅。虽然有利基亚的保护，但强大的三属性攻击还是一度使小智绝望，不过，我们伟大的火箭队武藏小次郎终于被赋予了神圣的使命，在崇高的和平的邪恶的理想的驱动下带着小智去拿冰水晶。

　　拿到冰水晶后，归途却还是磨难重重，利基亚载着小智与武藏小次郎飞行，武藏小次郎还有喵喵为了不拖累集体英勇从高空自杀，幸亏被其余的口袋妖怪将冰层弄破救了一命，所以终归祸害是遗千年的说。但是，此刻疯狂的收藏男还是将魔爪伸向了利基亚，利基亚被困后发飙，两道超强的超能光速分别破坏了空中堡垒并袭击三只鸟，小智终于带回了冰水晶，祭典开始，在芙露拉悠扬的笛声下，一切终于结束了。三只鸟各归其位，利基亚再次苏醒，世界复归和平……