小智一伙因缘际会来到了伊利克斯森林，正巧遇到了森林的呼唤，而少年小羽超越了40年的时空后终于回来了，然后他们就一起寻找失踪了的雪拉比，找到受伤的雪拉比后，小智与小羽用爱心感化了它另外受创的心灵。而这时火箭队武藏小次郎与面具男出现，一通乱搞后武藏小次郎臣服在了面具男的淫威之下。而小智他们在森林中口袋妖怪的引导下来到了生命之湖给雪拉比疗伤，雪拉比在生命之湖恢复了健康，小智他们也与雪拉比度过了快乐的一天。

　　第二天，火箭队三人出现，武藏小次郎负责当喽喽，面具男则轻易将雪拉比收入黑暗精灵球中，而后邪恶化的雪拉比聚合森林中的枝叶成为了一个巨大的怪物。

　　小智他们一路追赶雪拉比，水君也终于出现，与雪拉比怪物战斗时乘机将小智与小羽送入了枝叶怪物体内，一番精神攻击200%纯情两少年感化后雪拉比终于恢复，但雪拉比却因森林毁坏气息微弱，在水君将生命之湖净化后，但还是无法使雪拉比复生。之后，森林的呼唤再次出现，无数雪拉比超越时空来到将雪拉比一号和森林重生。但是，面具男继承着火箭队FIGHT的精神再次出现将雪拉比抓到，却终于被小智阻止，然后面对的是广大森林口袋妖怪同志们的围攻……

　　森林的呼唤再次发动，雪拉比将小羽送回了40年，两少年的友情也在这时空中延续。

　　本作的雪拉比虽然没有梦幻强力与有名，但却非常可爱的说，而且在第二代口袋妖怪游戏——也就是金银水晶里是作为最后一只口袋妖怪的，可见其珍贵度。另外从剧中的始鳄鱼与那个草（名字忘记了-_-）都可以看到剧场版与游戏一起进入了相同的设定之中。另外本作的水君完全就是个跑龙套来充数的，如果将其与喷火龙对调我看也没什么差别。

　　还有值得一说的是TV版最著名的主题歌めざせポケモンマスター在此部剧场版中被重新女声翻唱了一遍，优美的经典以另一种风格回味了一次，也可谓是新的收获吧。

　　最后要提的是本作的画面已经到达了剧场版中一个新的高度，如果与前几作比较的话那就一个是乌鸦一个是凤凰，特别是雪拉比怪物的那种震撼效果，看上去就像3D的一样有型。