这部电影主要以意大利水都威尼斯为背景，描述拉笛欧斯与拉笛雅斯两兄妹，在当地守护着秘宝「心的水滴」，但是却有一对怪盗姊妹想盗取这分珍宝，结果引来了当地的洪水，刚好皮卡丘与小智路经当地，为他们的握手言和做了努力。
“Aruto Maarie”是一个被喻为世界最美的水都。
在那里，小智和皮卡丘遇到拥有不可思议力量的神奇宝贝：拉提奥斯(暂译)和拉提亚斯(暂译)。拉提奥斯和拉提亚斯是感情非常要好的兄妹。它俩一直密密地守护着一颗藏在水都中一处神秘地方的秘宝「心之滴」。
