一群疯狂的科学家，为了自己的梦想，研制出一套只需要少许基因便可复制出口袋妖怪的机器，并把发掘到的世界最强口袋妖怪——梦幻的睫毛，复制成了拥有比梦幻更强能力的——超梦。但当超梦醒来后，却因无法找寻到真正的自我而暴走，将岛屿上的研究所夷为平地。

　　这时候，火箭团的老大出现在超梦的面前，用花言巧语把迷失自我的超梦拉拢过来为自己办事，但没过多少时间，超梦再次对自我感到迷茫，也彻底对利用他的人类感到失望，爆炸在火箭团老大基地又一次出现，超梦也离去了，回到那个复制它的岛屿，决定开始它的复仇之战。

　　另一方，正在草原野餐的小智一活，也迎来了他们新的故事……

　　超梦：超能，因为被人类复制出来而对自己的存在感到迷茫，因而对人类产生憎恶并实行报复。在遇到格斗超能力属性时相当强，而遇到昆虫、鬼魂、邪恶属性时会变弱，具有充满破坏性力量的超能力技巧。
           
　　梦幻：超能，像是小婴儿的口袋怪兽，从水中诞生出来。因为是超能力类型，对格斗、超能力属性时就会很强，而对昆虫、鬼魂、邪恶属性时会变弱。虽然外表可爱纤瘦，但也拥有极其强大的能力。

　　本作最激动人心的莫过于超梦与梦幻的设定，玩过GBC等游戏的人想必会对这传说中最强的口袋妖怪依然记忆犹新。现在，它们就已经完全展现在了眼前，好好欣赏吧。