A.C.（后殖民卫星）180年，地球联邦政府统一了整个地球圈，不断地扩充军备。地球联邦政府以高压手段统治宇宙中的卫星，并暗杀了卫星的和平领导人希罗·尤尔。北欧小国桑古王国在此时提出完全和平主义，受到许多国家的拥护，因此遭到联邦的攻击，王国毁灭。

    　A.C.195年，在背后支持地球联邦政府的罗姆费勒财团，其安插在联邦军内的精兵部队OZ正急速扩大其势力。为了与之相对抗，过去曾参与开发联邦军机动战士的五位博士，分别在各个卫星用高达尼姆合金制造机动战士高达，并培养五个少年成为高达的机师（同时亦传授杀人、破坏等本领）。他们是：可变形成飞机、拥有一台光线炮的WING GUNDAM（飞翼高达），驾驶员是希罗·尤尔（为了纪念卫星的领导人而命名）；全身漆黑、持有巨大热能镰刀的GUNDAM DEATHSCYTHE（死神高达），驾驶员是狄奥·马克士维；装备大量导弹等远程攻击的GUNDAM HEAVYARMS（重装高达），驾驶员是特洛瓦·巴顿；手执两把弯刀的GUNDAM SANDROCK（沙漠高达），驾驶员是卡多鲁·勒巴巴·威纳；右手可以伸缩、喷火，并持有热能长枪的SHENLONG GUNDAM哪吒（神龙高达），驾驶员是张五飞。伪装成流星的五部高达，分别降落地球，除了WING GUNDAM以外均成功地摧毁了OZ诸多军事基地、兵工厂。至于WING在降落时遭到OZ士官塞克斯·马其士的拦截，坠落海中。逃生后的希罗就此遇见了桑古王国的公主莉丽娜·皮斯克拉夫特，后来又被狄奥所救。OZ的统帅特列斯·克舒利纳达乘联邦军首脑聚集在新爱德华基地开会之际，引诱高达前来攻击，借希罗之手杀害了所有联邦军的首脑，其中也包括诺宾达元帅等主和派的将领。与此同时，OZ在世界各地发动政变，迅速地取代了地球联邦军。

 　　之后，特列斯的副官蕾蒂·安使用宇宙要塞巴鲁基对付卫星，以此要挟高达的机师投降。WING以自爆表示不愿将卫星牵扯进来，高达的机师们逃离包围圈，隐藏了起来。为了谢罪，希罗和特洛瓦依次拜访诺宾达元帅的家人，请求他们的原谅。塞克斯将希罗的WING GUNDAM修好，并约他前往南极决斗。决斗时，莉丽娜带着诺宾达元帅夫人的信前来阻拦，并因此得知塞克斯就是她的哥哥米利安·皮斯克拉夫特。罗姆费勒财团不愿有高达这一叛逆的形象存在，将违反军令的塞克斯亦当作叛徒处理。来到宇宙的蕾蒂·安以和平、低调的姿态出现在卫星代表们的面前，并很快地获得了卫星居民的信赖。当五位高达的机师千辛万苦回到宇宙时，他们发觉制造高达的五位博士已经被捕、在OZ的威胁下替其开发新的机动战士，且卫星也将高达视为敌人。死神被毁、神龙亦损伤严重，希罗、狄奥、张五飞被捕，特洛瓦潜入OZ军中伺机解救众人。此时，卡多鲁因父亲被OZ煽动卫星居民所杀而发狂，他采用了博士们留下来的资料，那是博士们最初研究的装载在驾驶舱内的0系统，可以大幅度提升机师的脑波，创造出完美的战士，但是这种系统同时亦不顾驾驶员的安全，会将机师赶至绝地！卡多鲁驾驶着安装0系统的新机体WING GUNDAM 0，被0系统控制住的他接连摧毁卫星。特洛瓦不惜生命阻止卡多鲁的暴走，希罗带卡多鲁回到了地球。特列斯反对罗姆费勒财团用机动木偶来代替由人驾驶的机动战士，因而被剥夺一切职务、软禁起来。月球基地的技术长官茨巴洛夫关闭牢房中的通气孔，企图杀死五位博士和狄奥、张五飞。明白了特列斯真正意图后的蕾蒂·安及时赶到，面对茨巴洛夫的枪口，打开了牢门。狄奥和张五飞乘上五位博士秘密改装后新的高达，逃出了月面基地。

　　地球方面，以桑古王国为中心，越来越多的国家赞同莉丽娜公主所提倡的完全和平主义。罗姆费勒财团代表迪尔迈尤侯爵的孙女多洛茜亦以学习完全和平主义之名来到莉丽娜身边，她真正目的只有和她幼时在一起玩耍的特列斯、塞克斯方能理解。希罗和卡多鲁也来到了重建后的桑古王国，作为莉丽娜的骑士，保护着这个脆弱的和平。在宇宙大量生产的机动木偶被空降到地球，以绝对的优势制压着反对罗姆费勒财团的国家以及拥护特列斯的原OZ士兵。桑古王国又成为罗姆费勒财团的眼中钉，莉丽娜遭到追杀。此时，希罗前往特列斯派的据点卢森堡基地，罗姆费勒财团的机动木偶正大举进攻那里。希罗认为这是他最有可能会战死的地方，但是在弹尽粮绝之时特列斯呼唤希罗，并将同样装载着0系统的高达艾比安送给他。另一方面，茨巴洛夫下令将WING 0炸毁，因自身能力大幅度提升而觉得爱机拖鲁杰斯再也满足不了自己的塞克斯，将拖鲁杰斯自爆换乘WING 0把敌人全灭后冲往地球。迪尔迈尤侯爵终于下令攻击桑古王国，在对方强大的兵力下，莉丽娜为了贯彻完全和平主义的理念，宣布无条件投降，她本人则交由罗姆费勒财团看管。在燃烧的桑古王国中，WING 0和艾比安初次交锋，势均力敌。最后，塞克斯和希罗都被0系统所玩弄，清醒后的两人相互交换机体分道扬镳。迪尔迈尤侯爵认为莉丽娜那种坚定不屈的精神以及所提倡的完全和平主义有很大的凝聚力，故将她推上女王的宝座，让其成为罗姆费勒财团的代表。借莉丽娜的形象，罗姆费勒财团很快就完全统一了地球。而莉丽娜也因此获得了财团中大多数人的认可，反过来将迪尔迈尤侯爵排挤出去。

　　地球虽然统一，但和平并没有降临。卫星的地下组织“白色芬古”代表宇宙中的居民们站了出来，接连抢占了OZ正在建造中的巨大战舰“利布拉”和月球基地，并摧毁了宇宙要塞巴鲁基。“白色芬古”的领导人米利安·皮斯克拉夫特（即塞克斯）向地球宣战后不久，特列斯复出并将莉丽娜赶下女王的宝座，重新掌握了OZ军。五位高达的机师们在宇宙集合，他们的敌人是米利安·皮斯克拉夫特和特列斯·克舒利纳达。在最后的战斗中，地球和宇宙双方面都投入所有的兵力。因为在米利安、特列斯、多洛茜他们的理念中，要实现完全的和平仅仅销毁所有的武器是不够的，还必须让所有的人都看清战争的残酷，以致不想再发生战争。在高达五位机师的努力下，阻止了战舰“利布拉”坠落地球，特列斯战死、米利安下落不明。地球和卫星融合成一体，再也没有国家与国家之分，也没有宇宙和地球之分，所有的机动木偶都被销毁，完全和平就此降临了……